地质调查所于年月筹设，年月在上海成立地质研究所。
社会科学研究所于年月筹设，年月正式成立，下有法制组、民族组、经济组、社会组，前两组在南京，后两组在上海。年月，中华教育文化基金董事会之北平社会调查所并入该所，年改称社会研究所。
观象台于年月更名，下有天文组、气象组。年月分立为天文研究所、气象研究所，均在南京。
语言历史研究所于年夏设于广州中山大学，年月在中山大学筹设历史语言研究所，月日迁入广州柏园正式成立，后迁北平。
体质人类学研究所于年由史语所第四组中抽出另设，抗战胜利复员后因限于经费，又由史语所收回接办。
自然历史博物馆于年月筹备，年月成立于南京，年月更名为“动植物研究所”，年月分立动物研究所、植物研究所。
心理研究所于年月决定设立，年月筹备，年月在北平正式成立。
数学研究所于年筹备，年在上海正式成立。
医学研究所于年筹备。
院长任上，蔡元培依旧奉行他的“人才至上”主义，不拘一格选用科学方面的专家。
理工方面，物理研究所聘丁西林为所长，严济慈、胡刚复、杨肇燫等为研究员。
化学研究所聘王琎为所长，赵燏黄、沈慈辉、曾义为研究员。
工程研究所聘请周仁为所长，王季同、周行健等为研究员。
地质研究所聘李四光为所长，翁文灏、叶良辅、徐渊摩等为研究员。
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