首先，秦三先生是会武功的，而且很高，高得不可思议。他为了研究病理和药理，甚至挖坟盗尸，将人细细分解，由此不但对药理，而且对武功都有了自己独特的理解。他常说：“人之所以异于禽兽者，不在于言语，在于意识。”又说：“所谓修炼内家真气者，不在于丹田经脉，亦在于意识。”他最后将药理和武功殊途同归，创出“魔衣碎玉功”。这门内功与药一样，可杀人，也可活人。最重要的是，它锻造锤炼的主体并非丹田经脉，而是来自于头脑的“意识”，强化意识对身体的掌控。当修炼境界突破死境和生境，进入涅盘境之后，秦三先生认为根据自己的理论可以褪去与禽兽无异的臭皮囊，代之以和神一般的“意识”相匹配的“神躯”，最终实现“长生”。
为了传承自己所领悟的天机，秦三先生精心挑选了三位资质卓绝的弟，不但让他们学他的功夫，还要与他共同切磋，相互启发，一起领悟。
三位弟后来各有不同的追求。二弟何榘与师傅一样，专注于“长生”，相信只要甩去那拖累人的臭皮囊，可以脱凡成神。努力突破玄境、死境、生境，向着涅盘境奋勇前进。
大弟则走上了另一条道路。他认为长生之说虚无缥缈，不如掌控当下。于是专攻杀人之术，精研掌控人心，成名虽然晚于何榘，后来却比他更厉害，成为跺一跺脚江湖乱颤的大人物。此人姓石，由于家贫困，父母不识字，给起烂名叫“石歪牛”，好在成名之前他已给自己换了个有气势的名字“石惊鸿”，江湖上则通常用另一个名号称呼他---“魔尊”。也就是“光明圣教”的教主，教内称他“光明圣尊”，号称“大光明天在凡间的化身”。
三弟黄惕与大师兄走得近，也喜欢精研“掌控”，但他掌控的并非人心，而是天地。他认为万物有灵，只要懂得沟通，从风雨雷电到花鸟鱼虫，无一不可*纵。后来他也加入光明圣教，担任四大圣王之首的“龙王”。并将自己的心得分别传授名弟，人各自建立自己的一套功法体系，各有擅长掌控的领域，即为几十年来传承不绝的光明圣教“大神将府”。不过最近老水神和水神府少主都被白鹏用计杀死，水神一脉多半是断了香火。
嘉靖三十七年，师傅秦三先生亲自登门拜访何榘，告诉他一个好消息：“为师已经突破涅盘境，这就要成神啦！”何榘自然喜出望外，留师傅住在家，打算亲自伺候师傅这最后一程。秦三先生很喜爱时年十四岁的小姑娘何如霜，见她不爱练剑，还特意传授了适合女的“阴风索”功夫，也成了后来“鬼仙”纵横江湖的招牌绝技。.
然而蜕变成神的过程远不像之前幻想的那样灿烂辉煌，从秦三先生身上泛出尸臭气味那天开始，“尸化”就渐渐成了他们这一脉所有人的噩梦。直到有一天，何如霜向父亲告状，说“老伯伯一定不爱洗澡，身上臭臭的”，何榘不得不送师傅远离人烟，到了自己登山游玩时发现的小孤峰蛇洞之。何如霜以后就再没见过这个臭臭的却很慈祥的“老伯伯”。
从那以后，何榘每隔数日去给师傅送些食物饮水，观察师傅身体的变化，提出些建议和帮助。但是秦三先生的情况一天天恶化下去，“臭皮囊”真的臭了，“神躯”的降临没有半点迹象。何榘忘不掉丁巳年（嘉靖三十八年）七月十五，传说百鬼出行的日，师傅在那天走了。他身上从外到里都已开始腐烂，没有一处还能运转，躺在自己的尸水，没了气息。
何榘仍然继续照看师傅，希望他能奇迹般白光一闪，从残躯蜕变新生。可是直到秦三先生全身的骨架开始闪白光了，何榘盼望的神迹也未出现，只好将师傅挪到石厅角落，磕几个头，就此放弃了长生之念。
然而，就算何榘放弃了涅盘长生，不祥的“尸化”还是找上门来。他练功勤奋精进，所以只比师傅晚了两年进入尸化阶段。他不敢太早告诉女儿和徒弟们关于尸化的事情，怕他们从此不肯再练功，于是在这一年卸任武夷派掌门，给女儿和徒弟赵四郎留下藏宝图，叫他们成婚后，至少隔五年，前来按图寻宝，然后自己开始潜心为解除尸化寻找应对之策。
何榘这一招是希望当时还年幼的任性女儿能够嫁给自己最看重的弟，武夷派掌门之位也等于仍在亲人手。他想不到的是，女儿根本不喜欢徒弟赵四郎，多少恩恩怨怨之后，两人终究没在一起。也没想到，只凭赵四郎手那张地形图，虽然没标位置，只要细细搜索，也能找到宝藏。好在肥水没流外人田，宝藏最终还是落在了自己外孙手。
秦三先生临终前，曾经懊悔自己功法有缺陷，对身体的掌握仍然不足，令“尸化”失去控制。为此设想了一张“入魔丹”的丹方，以药力弥补功力的不足。但是还没等何榘集齐药材，他就撒手人寰。事后何榘照方抓药，炼得药丸数颗，刚刚感觉自己要开始尸化就服用下去。“入魔丹”的确让他功力大增，得以控制尸化进程，“八千里切磋不败”的名声有许多是这个时期所创，可是他也发现自己心魔大盛，有时会狂性大发。所以虽然出于对女儿的疼爱，给她留了一颗，却千叮咛万嘱咐，不到万不得已不可服用。
在蛇洞之，何榘开始做各种各样的实验。他不断抓来村民，以“魔衣碎玉功”的真气强行将其尸化，再观察不同运功方式下尸化过程的区别。初期那些人很快生蛆腐烂，到后来，经过对功法的反复修正，可以让体内产生类似毒素一般的物质，对自己无害，却能防蛆虫滋生，也能阻止腐烂。这就是洞那些干尸的由来。
但仅仅不腐烂依旧不够，“魔衣碎玉功”太过精于死亡之道，生命之道大有不足，破坏力量太强，建设力量微乎其微，随着身体机能的破坏，尸化仍然不可逆转，何榘还是只得到一些真正死去的干尸而已。
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