金门守军奋勇应战，予以重刽，捷报传来，人心振奋，吾兄董督有方，将士用命，至足佩慰。希即传令嘉奖，查明有功将士，呈报国防部，分别奖赏，并盼再接再厉，晋建殊勳，无任企望。
李宗仁
1949年11月3日，蒋在「敌我双方优势之分析」的训词中，曾说：
「此次金门保卫战的结果，对於来犯之匪万余人，予以彻底的歼灭，不使有一人脱逃漏网，这是我们剿匪以来最大的一次胜利。」
其後，於1950年4月，特别颁发团T荣誉旗，以奖参与此役特着功绩之第一一八师及第十八师。
鉴於古宁头战役惨败，在第四野战军发动海南岛战役前，专门发电报要求四野向第三野战军调查渡海作战经验，以免重蹈金门覆辙。
解放军虽然很看重古宁头战役的失利教训，但并没有将其视为重要战役。中国人民解放军国防大学教授徐焰在其着作中，称金门战斗失利只是第二次国共内战末期一个小cHa曲，仅是暂时延缓解放军攻取东南沿海岛屿，并未影响全局。解放军多次检讨与总结，开始重视渡海作战特殊规律，再经过登步岛战役失利总结，解放军初步掌握渡海作战规律。
古宁头战役结束後，东南沿海岛屿被x1取经验的解放军逐步夺取或因战略理由撤退。
古宁头战役後半年，解放军随即攻占海南岛。
之後相继攻占相对简单的、万山群岛及1955年的一江山岛。不过防御坚强的金门及其他岛屿始终无法越雷池一步。
战後发展
古宁头战史馆
此战役後，守第一线的二零一师回台湾整补，而胡琏之第十二兵团则於12月1日奉命就地改为金门防卫司令部。汤恩伯代理总司令及李良荣兵团司令奉命赴台湾，第十八军军长高魁元一直做到陆军总司令、参谋总长、国防部长。
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