1850年冬天，洪秀全、冯云山率拜上帝会起义的消息传到广东花县，洪、冯家族的人都非常紧张，他们深知，作为“逆属”，等待他们的将是株连族的命运。这也是理解国传统家族观念的一个很好的切入口，家族不仅是简单的血缘关系，还有社会法律的属性，因为一人犯罪，很可能连累整个家族，所以国传统大家族都有严厉的家法，家法伺候族内的不肖孙，是维系整个家族生存的必要。
横竖是死，一些洪、冯族人便奔赴广西，投奔洪秀全，一起造反，拿命赌明天。这一次，洪仁\也在其间，但当他们兴冲冲抵达广西浔州府境内，却得知太平军已经走了，他们只得匆匆返回家乡。幸好当时消息传得很慢，当地官府并没有立即知道洪秀全就是花县这位洪先生。
1852年初，洪秀全已经在广西永安州驻扎，派一位特使来搬去洪、冯家族，没想到这位使者，脑发热，对“天父主张、天兄担当”真的信了，居然认为有天父洪秀全在，凭着洪、冯两族几百人，外加上帝、耶稣之力，就能在广东打出一片天地来，可以先立下一大功。在他的鼓动下，洪冯族人在谷岭马上举事，参加的有200多人。
这200多人拿着锄头拿着竹竿就开始造反了，结果几乎立即被当地团练杀得干干净净，出师未捷身先死，本人似乎并未参加起事的洪仁\不得不仓皇逃跑，在基督徒的掩护下跑到香港，投奔了瑞典传教士韩山。
躲到香港的洪仁\，口述了一篇《洪秀全来历》，后来又提供素材，让韩山写出一本《太平天国起义记》，那时候消息真是闭塞，世人连洪秀全是不是真有其人、是不是真的姓洪都莫衷一是，这些努力，一度让太平天国赢得西方社会的广泛同情。洪仁\曲解了拜上帝会，将之描绘成国的正统基督教，当有去过天京的外国传教士回来声称，洪秀全的拜上帝教是“异端邪说”时，他便竭力为洪秀全辩解。
1854年，太平军已定都天京，国力蒸蒸日上，洪仁\欣喜异常，决定前往投奔。
这年阴历三月，
他拿着韩山给他的钱，搭上了去上海的轮船，打算取道“小刀会”控制下的上海去天京。谁知道小刀会的人，根本不相信他跟天王洪秀全的关系，人家洪秀全飞黄腾达了，早把兄弟姐妹接到南京去了，于是把他晾了几个月。
花光银的洪大炮只好跑回香港，在英国教会“伦敦会”当了传教士，并跟着英国人理雅各、詹马士学习西方历法。
从上海归来后，他为太平天国宣传的声音反倒小了，这可能因为当时列强传教士早已和太平天国的人接触，知道洪秀全的上帝跟他们的上帝并非一码事，对洪仁\云山雾罩的说辞，也失去了曾经有过的兴趣。
洪仁\一心想去天京，但是他没有钱。他希望两位英国老师赞助，但理雅各反对。
“我去天京，可以改正洪秀全教义的错误，使之回归正统基督教，到时候，天国的国人都真信上帝！”洪仁\声称。
“No，你到了天京，不但不能改造洪秀全，自己还会被洪秀全改造。”理雅各不信，他任职伦敦会负责人期间，一直不许洪仁\出走，回伦敦“出差”前还反复叮嘱詹马士“看牢洪仁\”。
但詹马士对洪仁\的说辞似乎比较动心，他不但借给洪仁\一笔不菲的盘缠，还答应照料其妻、儿，就这样，1858年，洪仁\踏上了再赴天京的旅程。
这一次他走的是陆路，一路走来也颇多蹊跷。他大约是这年阴历、七月动身的，从南雄过梅岭进入江西，经过赣州、吉安到达饶州境内，却投进了清朝副将蔡康业的营盘，那年八月，已经被洪秀全任命为太平军主将杨辅清率部进攻蔡康业，大破之，洪仁\居然跟着蔡康业的大军败退，连行李都丢了不少。
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